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如果原DNA样品的体积较小(I5uL)，可加0.5mo/LEDTA(pH8.0)至终浓度为10mmoI/,再加0.2倍体积的6X碱性凝胶上样缓冲液。
由于在高pH溶液中，Mg能形成不溶于水的MgOH)z沉淀包裹DNA，因此在将电泳样品调为碱性条件前，用EDTA絡合溶液中的Mg2是极为重要的。
5.按方案1所述，将溶于6X碱性凝胶上样缓冲液的DNA样品加置加样孔中。以小于3.5V/cm的电压开始电泳，当溴甲酚绿迁移入胶0.5~1cm时，关闭电源。在凝胶上面放置一块玻璃板，继续电泳至染料迁移至凝胶长度的近2/3时，停止电泳。
6.根据实验目的，按照下面介绍的程序之一处理凝胶：
i.凝胶染色，按照步骤7进行。
ii.Souther杂交，按照步骤9进行。凝胶染色
7.将凝胶置于中和溶液中，室温浸泡45min。
8.将中和过的凝胶用含0.5μg/mL溴化乙锭得1XTAE溶液或SYBRGold染色液染色。Southern杂交
9.将凝胶放入中和溶液，室温浸泡45min。按方案11所述将DNA转移至不带电荷的硝酸纤维素或尼龙膜上。或凝胶不经中和溶液没泡处理，将DNA直接从碱性琼脂糖凝胶转移至带电荷的尼龙膜上(方案)。
l0.通过相应的标记探针对膜上固相化的DNA进行杂交检测(方案13)。如需进行放射自显影，参照附加方案中“碱性琼脂糖凝胶的放射自显影”方法进行。
