该实验原理是根据变性PAGE胶,分离小片段RNA,然后用同位素标记探针检测目的小RNA。用来验证验证植物中小RNA的存在,检测小RNA大小,以及表达量分析。
实验步骤
1、把电泳槽,玻璃板,梳子,转膜槽清洗干净,并且浸泡在DEPC水(未经灭菌的)中过夜。
2、按Mini-PROTEAN系统操作手册固定制胶用的玻璃板,准备15%变性PAGE胶。
5xTBE2ml
30%PAGE5ml
尿素4.8g
ddH2O3ml
待尿素溶解后,加入μl10%AP和10μlTEMED,混合均匀,灌胶。插上梳子,室温凝固45-60min。
3、待胶凝固后,组装电泳槽,加入1xTBE,V预电泳40-60min,用移液器将胶孔吹洗干净。
4、将30μg总RNA稀释到15μlDEPC水中,加入5μl8M尿素上样缓冲液,80°C变性10min,立即置于冰上3min。
5、短暂离心后用20μl移液器点样,30V电泳90min,然后调电压至60V,电泳至溴酚蓝跑到胶的底部。
6、将跑好的凝胶于EB中浸泡5min,用DEPC水漂洗后,于凝胶成像系统中观察RNA质量。
7、将转膜用的海绵,滤纸,尼龙膜,PAGE胶于1xTBE润湿清洗。然后按照海绵-滤纸-PAGE胶-尼龙膜-滤纸-海绵的顺序,在转膜夹中将转膜三明治叠好,夹紧。将夹好的三明治放入转膜槽,加入冰槽,放入搅拌子,注入1xTBE缓冲液至浸没转膜三明治。将转膜槽置于搅拌器上搅拌,20V转膜min。
8、拆除转膜装置,将尼龙膜RNA承载面朝上,在紫外线交联仪中J交联两次,80°C烘膜4h。
9、将烘干的尼龙膜放入杂交管,加入60°C预热的杂交液20ml,并且加入μl10mg/ml超声波打断后的鲑精DNA(ssDNA),于45-50°C预杂交8h。
10、按照下面的体系标记探针
Probe2μl
10xT4PNKbuffer2μl
T4PNK1μl
γ*32P-ATP3μl
ddH2O12μl
37°C孵育60min后,加入μl杂交液,80°C变性10min。
11、将步骤10中的变性探针全部加入杂交管中,杂交过夜。
12、倒掉杂交液,用25ml非严谨洗膜液洗两次,每次5min,然后用严谨洗膜液洗两次,每次10min。将膜放于滤纸上稍晾干,用保鲜膜包好,放于暗夹中曝光24h。
13、扫描磷屏。
紫外交联仪UCL-3是一款大功率、完整的、微处理器控制的紫外线照射系统,主要用于将核酸连接到膜和消除PCR污染。可编程微处理器持续监控紫外光发射。UCL-3紫外交联仪安装有铝合金UV辐照室和铝漫反射板,紫外辐照腔体内的辐照强度均匀。位于辐照腔体上方的紫外传感器安装有石英玻璃,保护传感器不受化学品污染。
UCL-3