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然而，该技术在Southem杂交检测DNA长度方面所显示出的快速性和准确性，使其仍受到重视。发展史附注碱性琼脂糖凝胶电泳是在BrookhavenNationalLaboratory的BillStudier实验室，作为替代繁琐的T7噬菌体DNA碱性梯度离心技术而发展起来的。
最早的碱性水平凝胶电泳配备有琼脂糖内蕊，后来Studier研制一个凝胶盒，带有可移动的狭缝形成装置，可使倒胶、浸胶、染色、结果观察在原位进行。
由于这种装置易于操作，因此在商品化凝胶胶盒出现之前，广泛应用于碱性和中性电泳。溴酚蓝在高pH条件下很快被漂白，因此不宜作为碱性琼脂糖凝胶电泳的示踪染料。Brookhaven实验室化学试剂部通过对库存陈旧的染料进行系统筛选，发现高质量的溴甲酚绿可作为此用途之用。
进行碱性琼脂糖凝胶电泳要注意以下几点：
●在相同电压下，碱性琼脂糖凝胶电泳产生的电流比中性凝胶大、产热多，因此碱性凝胶应在电压小于3.5V/em条件下进行电泳。
电泳开始后应在凝胶上面直接放置一块玻璃板，用以减缓溴甲酚绿从碱性凝胶中的扩散，同时也可以防止凝胶脱离玻璃板并漂浮在电泳缓冲液中。
●由于此琼脂糖部分碱基易发生水解，引起单链DNA的条带不均一，时常在速度较慢时趋向于向凝胶底部泳动，而较快时趋向于向凝胶顶部泳动(Favaloroetal.)。如果出现这种情况，应检查：缓冲液中NaOH的浓度是否为50mmol/L;
