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注意，微型胶最适合分析DNA小片段(3kb).由于通常使用的电压较高，凝胶长度又较短，所以大片段的分辨率较差。
一些厂家已经生产了几类用于微型胶电泳的微型电泳槽，它们是常规电泳槽的缩小版本。它的每个加样孔能加样3~12μL，当然这取决于凝胶的厚度和梳齿的宽度。一般选择加10-ngDNA到加样孔，在较高电压(5~20V/cm)下电泳30~60min.当溴酚蓝和二甲苯蓝FF迁移到适当距离时停止电泳并采用CCD相机拍摄紫外线照射下的凝胶图像。
经琼脂糖凝胶电泳分离的DNA可以通过染色法检测。染色的染料通常具有少量的内在荧光特性、较强的DNA亲和力，以及与核酸结合后的高荧光量子产率。量子产率越高，其信号噪声比就越高。
经这些染料染色的DNA条带可以在某一波长的紫外光照射下观察，同时在另一个波长紫外光照射下做记录。这里介绍了用三种染料(溴化乙锭、SYBRGold和SYBRGreenI)浸染后观察凝胶中DNA的方法。有关这些及其他染料的更详细信息见第1章“DNA定量”章节中的介绍。
注意，同SYBR染料具有相似特点的染料可以从其他公司，如GelStar(Whiteetal和GelRed(Huangetal.)购买。
尽管这些染料的敏感性不如非对称花青染料高，但是溴化乙锭仍然适用于凝胶中DNA的大多数常规染色。在紫外光照射下，用装有合适的转换荧光屏和滤光片的CCD相机可以拍摄染色的凝胶图像。
